在药物发现的早期阶段，研究者往往需要在数百甚至上千个候选化合物中筛选出具备良好活性、特异性和安全性的分子。然而，传统筛选方法如酶活性抑制实验、结合亲和分析等，虽然高通量，但缺乏靶点层面的直接功能读数，无法提供分子在细胞或体内“真实起作用”的证据。

活性位点探针蛋白质谱（Activity-Based Protein Profiling, ABPP）正在成为药物筛选的重要辅助工具。其优势在于不仅能在复杂生物系统中验证靶点结合的功能效果，还能在全蛋白组尺度评估潜在脱靶风险，为高通量化合物筛选带来前所未有的分辨率和可靠性。

一、什么是ABPP？为什么它适合用于高通量化合物筛选？

ABPP 是一种利用共价活性探针特异性标记蛋白质活性位点，并通过高分辨率质谱进行检测的技术。相比于蛋白组学，ABPP聚焦于“功能蛋白”——即那些在特定生物状态中真正处于活跃状态、发挥生物学效应的酶类蛋白。

对于药物筛选而言，ABPP可实现：

1、功能性靶点验证：判断小分子是否真正影响目标酶的活性；

2、脱靶谱监测：分析分子是否误伤其他酶类蛋白；

3、基于功能蛋白组的筛选维度：避免仅靠表达量或结构亲和力做判断。

二、ABPP在高通量化合物筛选中的核心应用场景

1、靶点抑制效果评估：竞争型ABPP（Competitive ABPP）

ABPP的一项重要策略是竞争结合实验，用于评估候选化合物是否与目标蛋白活性位点发生相互作用。

实验原理如下：

（1）样本（细胞或裂解液）先与化合物孵育；

（2）添加活性探针与酶结合；

（3）若化合物占据了活性位点，则探针结合减少；

（4）通过质谱定量被探针标记的蛋白，评估“抑制程度”。

优势： 直接验证功能性结合，不依赖表达量或假设机制。

2、脱靶效应全面评估：功能蛋白组谱监测

在药物研发中，脱靶是临床失败的重要原因之一。ABPP可一次性检测多个酶类蛋白活性，提供候选分子影响下的活性蛋白全景图谱。

（1）能同时监测几十甚至上百个靶点级酶类；

（2）发现隐藏脱靶风险；

（3）辅助化合物结构优化和选择性增强。

3、基于活性变化的候选分子筛选平台

ABPP不仅用于验证已有化合物，也可用于构建活性变化驱动的筛选体系：

（1）利用高通量LC-MS/MS检测化合物处理后活性蛋白图谱；

（2）识别出能调节特定病理相关酶活性的分子；

（3）与表型数据联动，提升筛选精度。

应用方向：适用于抗肿瘤、抗炎、神经系统疾病等方向的功能性化合物筛选。

三、ABPP筛选流程如何开展？（推荐实验设计）

四、百泰派克生物科技ABPP药物筛选平台

作为国内领先的蛋白质组学服务提供方，百泰派克生物科技已建立成熟的ABPP药物筛选平台，具备以下优势：

1、覆盖多类型酶类探针库（支持丝氨酸酶、半胱氨酸酶、HDAC等）

2、竞争型ABPP标准流程，适配高通量化合物评估

3、结合TMT/DIA定量技术，提升活性谱分辨率与数据可比性

4、提供脱靶谱图、热图、通路分析、靶点建议一站式报告

5、高通量能力支持一次性筛选几十个化合物组合

ABPP不仅能识别谁“表达”，更告诉我们谁“在工作”，为精准药物设计提供坚实依据。如果你正在寻找一套更智能、更可靠的候选分子筛选方式，欢迎联系百泰派克生物科技，我们将为你定制基于ABPP的高通量化合物筛选解决方案，用“活性组”驱动下一代药物发现。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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